11世纪前期，法蒂玛王朝开端式微，大权落于亚美尼亚甲士白德尔・哲马利手中。公元1094年，穆斯坦绥尔死，白德尔之子麦列克・艾弗德勒立其季子穆斯台阿里。其**廷政变频繁，甲士擅政，幼主频立，国度把握的地盘日趋缩小，财务支出宽裕。王朝军政大权落入大臣和马穆鲁克禁卫军军官手中。军队统帅节制国度大权，官制生长为世袭制，哈里发处于被庇护的职位。各地总督盘据，税收锐减，国库空虚。伊斯玛仪派内部分裂，波斯、伊拉克和中亚地区的伊斯玛仪派断绝与法蒂玛王朝的联络。突尼斯和阿尔及利亚接踵离开王朝节制。
在宗教上，伊斯兰教获得进一步传播和生长。王朝在各地修建了大量清真寺，均附设宗讲授校，派出布道师和法官到各地传播什叶派教义、教法，主持宗教事件，哈里发命令在各地清真寺聚礼日为阿里和哈里发祝贺，并严禁喝酒、音乐和文娱，在经、训研讨上，夸大其隐义，并按什叶派观点阐佛教义和教法，构成巴颓尼叶派(内学派)，在王朝末期从伊斯玛仪派平分化出阿萨辛派。对基督教及其他异教徒多采纳宽大政策。
公元909年3月，艾布・阿卜杜拉率柏柏尔军攻占都城拉卡达(今凯鲁万城)，颠覆艾格莱卜王朝，将赛义德・伊本・侯赛因从狱中救出，并被推戴其为哈里发。赛义德自称是先知穆罕默德女儿法蒂玛的子孙，什叶派第七代伊玛目伊斯玛仪的后嗣，号称伊玛目欧拜杜拉・马赫迪，故立国名为法蒂玛朝。初定都拉卡达，公元920年迁都马赫迪亚城(今凯鲁万东南海岸)。
公元1096～1144年间叙利亚和巴勒斯坦大部分属地前后被塞尔柱王朝和十字军占据。公元1071年，诺曼人占据西西里岛，并蚕食了非洲大陆一些地盘。十字军入侵埃及后，西亚赞吉王朝素丹**丁应法蒂玛王朝末代哈里发阿迪德之请，派部将希尔库及其侄子萨拉丁率军往援。公元1171年萨拉丁颠覆法蒂玛王朝哈里发阿迪德(公元1160～1171)，自主为苏丹，灭法蒂玛王朝，建立阿尤布王朝，今后在埃及规复了伊斯兰教逊尼派职位。
公元1021年，哈基木被暗害，其子扎希尔继位（公元1021―1035年）年十六。与东罗马天子君士坦丁八世约，罗马天子许以东罗马境内各清真寺中提念哈里发名字，许重修君士坦丁堡清真寺，而哈里发许重修圣陵教堂。
公元1005年哈里发哈基姆为传授和鼓吹什叶派教义，弘扬伊斯兰学术文明，创办了科学馆(daral－hikmah)，延聘各地闻名学者停止学术研讨，其范畴包含宗教、哲学和天然科学的各学科。并附设黉舍、图书馆和天文台，其附设的黉舍专门培养什叶派宗讲授者和官吏，除宗教各学科外，还设有医学、天文学等。天文学家伊本・优努斯、光学家伊本・海赛姆等皆在此获得科学成绩。王朝文明名城开罗、凯鲁万、非斯与巴格达齐名。
法蒂玛王朝担当和生长了阿拉伯东方伊斯兰文明，嘉奖科学研讨，生长教诲奇迹，文明发财，学术繁华。公元972年在开罗建立爱资哈尔清真寺，并生长成宗教大学，天下各地门生来此肄业，人才辈出，成为伊斯兰教什叶派宗教及学术文明中间。哈里发阿齐兹在开罗建立了皇家图书馆，藏书达20万册，保藏有大量各种笔墨珍本，仅用金泥誊写的《古兰经》就达2400册。