百济国被灭以后，原百济王扶余璋的部下福信及浮图道琛率众扼守周留城，抗击唐军。10月，福信调派使臣到日本，要求迎回在日本为人质的扶余丰王子，并向日本求援，以图复国。为了规复并扩大在朝鲜半岛上的影响，中大兄皇子同意了百济遗臣的要求，并于公元12月将都城从本地的飞鸟迁至本地的难波城。公元661年1月，监国的中大兄皇子在与百济隔海相望的盘濑设置了行宫。次年，日本向百济赠送多量物质，日本本土则“补葺兵甲、各具船舶、储设军粮”，随时筹办渡海作战。
苏我入鹿的倒行逆施引来了皇室成员和朝臣们的激烈不满，以皇极天皇宗子中大兄皇子和贵族中臣镰足为首的改革派决定撤除苏我入鹿。两人决定在皇极天皇访问外使时，刺杀苏我入鹿。中臣镰足向中大兄皇子保举了佐伯连子麻吕为刺客。
在毁灭苏我氏中立下汗马功绩的中大兄皇子，并没有顺从皇极天皇的意义担当皇位，而是服从了中臣镰足的定见，推举本身的娘舅轻皇子担当皇位。公元645年6月14日，轻皇子即位，是为孝德天皇。孝德天皇即位后，建立了日本最早的年号“大化”，开端了以中大兄皇子为主导的改革，史称“大化改新”。
8月17日，唐新联军从陆路三面围攻周留城，城外据点一一被霸占，百济因而又向日本求援，中大兄皇子派庐原君臣领军万余越海而来，筹办自白村江口登岸。当时，唐新联军虽已从三面包抄了周留城，但建在白村江河口上游左岸山地上周留城，三面环山，一面对水，山峻溪隘，易守难攻。百济只要能确保周留至白村江一线安然通畅，就能获得日本从海上的援助，从而据险恪守。是以，白村江成为维系周留存亡的生命线，也是百济得以复国的但愿地点，两军都誓在必争。
公元645年6月12日，皇极天皇筹办在板盖宫大殿访问来自朝鲜半岛的使者，遵循以往天皇访问本国使者的常例，把持朝政的大贵族苏我入鹿必会参加。苏我氏自苏我稻目以来，擅权专政近百年，飞扬放肆，肃除异己，僭越皇权，横霸于世，而苏我入鹿，更是为人残暴，乃至逼迫圣德太子的儿子山背大兄皇子自刎。传说在山背大兄皇子死去的那一刻，天降祥云，光彩夺目，而当苏我入鹿昂首瞻仰时，天空却俄然变成了玄色。
中日两军初次接战的成果，据《旧唐书．刘仁轨传》的记录，“四战捷，焚其舟四百艘，烟焰涨天，海水皆赤，贼众大溃”。初战得胜后，日军并没有撤兵，而是于第二天结合百济军又再次向大唐水军建议打击，成果“大唐便自摆布夹船绕战，斯须之际，官军败绩，赴水灭顶者众，舻舳不得回旋。朴市田来津仰天而誓，切齿而嗔杀数十人，于焉战死”。
以现在的目光来看，产生在中日两国汗青上的第一次正面对决——白江村海战，对日本而言，有着没法消逝的主