这些保护大名在本身领海内肆意妄为，不奉幕府诏命，截留本应上缴给幕府的年贡，特别是其日渐强大起来的武装力量，对幕府构成了最直接的威胁。1391年，足利氏的本家、最大的保护大名，拥有11国保护的山名氏清背叛，举兵向京都打击。足利义满隧起兵讨平山名氏清，山名氏清战死，山名家权势急剧式微，史称“明德之乱”。
跟着贸易活动的兴旺生长，货色运输业也昌隆起来。在一些工贸易发财地区，呈现了“马借”、“车借”等运输构造。海上运输呈现了驳船，容积达千石的也为数很多。
除了政所、侍所、问居处等等如许的中心机构外，室町幕府在处所上还设置了“关东御所”。“关东御所”又被称为镰仓公方或镰仓殿，由足利尊氏的第四子基氏的子孙世袭。除保护由幕府将军直接任免外，其他事物均由关东御所的辅臣“关东管领”措置。跟着关东御所气力的不竭加强，它与室町幕府的干系也日渐对峙，至幕府中前期，关东御所已经成了室町幕府最大的威胁之一。
足利义满当政期间，将前两代幕府将军设置的“执事”改称为“管领”，并付与其极大的权限。管领统辖政所、侍所等中心机构，而将军对处所保护的号令，也必须通过管领传达。在室町幕府前期，“管领”职位由足利氏门下的有力保护细川氏、斯波氏、田三氏三大师族轮番担负，称为“三管领”，直至室町幕府末期，“管领”职位才呈现了私相授受的环境。
跟着对外贸易的生长，一些港口都会日趋闪现出繁华的气象，手产业和纺织业快速生长，分歧产品之间的互换也日趋频繁，都会的贸易情势也变得日趋多样。每月三次的按期市场“三斋市”从室町中期开端，改成每月六次的“六斋市”。跟着市场的繁华和货色种类的增加，还呈现了近似于明天行业协会的构造——座。越是经济发财的处所，“座”越多。因为“座”的提高与发财，行业种类也随之增加，合作越来越细，促进了商品格量的进步。