管领统辖下的侍所由赤松氏、一色氏、山名氏、京极氏四个家属的人出任，首要卖力统领御家人、卖力幕府戒备任务，其权力仅次于管领，被称为“四职”。
跟着贸易活动的兴旺生长，货色运输业也昌隆起来。在一些工贸易发财地区，呈现了“马借”、“车借”等运输构造。海上运输呈现了驳船，容积达千石的也为数很多。
除此以外，与明朝停止的“勘合贸易”，也是室町幕府首要的财务支出来源。所谓“勘合贸易”，是明朝对本国来华停止朝贡贸易的一种称呼，也称“贡舶贸易”。“勘合贸易”必须在特定时候、特定地点停止。因为这期间倭寇猖獗，为了对倭寇和幕府官方船只加以辨别，明朝发给室町幕府勘合符以示辨别。幕府的贸易船只到港后，需出示勘合符，经明朝官员查验无误后，方能停止买卖。
除了政所、侍所、问居处等等如许的中心机构外，室町幕府在处所上还设置了“关东御所”。“关东御所”又被称为镰仓公方或镰仓殿，由足利尊氏的第四子基氏的子孙世袭。除保护由幕府将军直接任免外，其他事物均由关东御所的辅臣“关东管领”措置。跟着关东御所气力的不竭加强，它与室町幕府的干系也日渐对峙，至幕府中前期，关东御所已经成了室町幕府最大的威胁之一。
这些保护大名在本身领海内肆意妄为，不奉幕府诏命，截留本应上缴给幕府的年贡，特别是其日渐强大起来的武装力量，对幕府构成了最直接的威胁。1391年，足利氏的本家、最大的保护大名，拥有11国保护的山名氏清背叛，举兵向京都打击。足利义满隧起兵讨平山名氏清，山名氏清战死，山名家权势急剧式微，史称“明德之乱”。
室町幕府还体例了直接服从于将军的直辖军队，称为“营私家”。体例“营私家”，是足利义满看到本身固然身为将军，却没有直接统领的军队，有鉴于此，他特地从处所保护的军人中剥离出一部分，改编为本身的武装力量。人数约在3000人摆布。