足利义满当政期间，将前两代幕府将军设置的“执事”改称为“管领”，并付与其极大的权限。管领统辖政所、侍所等中心机构，而将军对处所保护的号令，也必须通过管领传达。在室町幕府前期，“管领”职位由足利氏门下的有力保护细川氏、斯波氏、田三氏三大师族轮番担负，称为“三管领”，直至室町幕府末期，“管领”职位才呈现了私相授受的环境。
在减弱了山名氏清家属的权势后，足利义满将下一个目标锁定在了大内义弘的身上。大内义弘具有6国领地，是关西地区最有气力的保护大名。1399年，大内义弘宣布背叛幕府，足利义满亲任总大将，调派细川氏、京极氏和赤松氏为前锋，以总兵力3.6万人攻打大内义弘。两军交兵，大内义弘战死，幕府军队大获全胜。此役产生于应永六年，故史称“应永之乱”。
这些保护大名在本身领海内肆意妄为，不奉幕府诏命，截留本应上缴给幕府的年贡，特别是其日渐强大起来的武装力量，对幕府构成了最直接的威胁。1391年，足利氏的本家、最大的保护大名，拥有11国保护的山名氏清背叛，举兵向京都打击。足利义满隧起兵讨平山名氏清，山名氏清战死，山名家权势急剧式微，史称“明德之乱”。
1420年8月，足利义满命令严禁边民骚扰明朝，得知此动静的明朝建文帝朱允炆派使臣前去宣诏安抚。在给足利义满的圣旨里，建文帝称其为“日本国王”。足利义满对“日本国王”这一称呼安然接管，并没有感觉不当。究竟上，这个足利尊氏的孙子早已是日本国度权力的最高代表了。在他在朝期间，他将幕府迁到了京都的室町，足利幕府由此改称为室町幕府。
除了政所、侍所、问居处等等如许的中心机构外，室町幕府在处所上还设置了“关东御所”。“关东御所”又被称为镰仓公方或镰仓殿，由足利尊氏的第四子基氏的子孙世袭。除保护由幕府将军直接任免外，其他事物均由关东御所的辅臣“关东管领”措置。跟着关东御所气力的不竭加强，它与室町幕府的干系也日渐对峙，至幕府中前期，关东御所已经成了室町幕府最大的威胁之一。
管领统辖下的侍所由赤松氏、一色氏、山名氏、京极氏四个家属的人出任，首要卖力统领御家人、卖力幕府戒备任务，其权力仅次于管领，被称为“四职”。
跟着贸易活动的兴旺生长，货色运输业也昌隆起来。在一些工贸易发财地区，呈现了“马借”、“车借”等运输构造。海上运输呈现了驳船，容积达千石的也为数很多。
除了关东御所，幕府还在各地设置了“保护”和“地头”，其称呼虽与镰仓幕府不异，但是性子却各别。镰仓幕府的保护与地头都是将军的御家人，二者之间是主仆干系，而室町幕府的“保护”和“地头”多数由将军的直系族人和有力家臣担负。为了庇护这些保护、地头的好处，室町幕府授予了其裁判诉讼、措置无主地步、征收税款的特权。这些保护、地头操纵特权在处所大肆并吞庄园，将统领地的军人变成本身的家臣，培植本身的私家武装，逐步生长为保护领国的保护大名。
在减弱了各地保护大名的气力后，室町幕府加强了对财务方面的办理。除了分离各地的约200处的直辖领“御料所”为其首要经济来源外，幕府还增加了向各地大名征收年贡米和年贡钱的数量。幕府还在畿内的交通要道设“关所”，征收“关钱”，在渡口收取“津料”，并且对京都内的当铺业和酿酒业课征税收。