除此以外，与明朝停止的“勘合贸易”，也是室町幕府首要的财务支出来源。所谓“勘合贸易”，是明朝对本国来华停止朝贡贸易的一种称呼，也称“贡舶贸易”。“勘合贸易”必须在特定时候、特定地点停止。因为这期间倭寇猖獗，为了对倭寇和幕府官方船只加以辨别，明朝发给室町幕府勘合符以示辨别。幕府的贸易船只到港后，需出示勘合符，经明朝官员查验无误后，方能停止买卖。
这些保护大名在本身领海内肆意妄为，不奉幕府诏命，截留本应上缴给幕府的年贡，特别是其日渐强大起来的武装力量，对幕府构成了最直接的威胁。1391年，足利氏的本家、最大的保护大名，拥有11国保护的山名氏清背叛，举兵向京都打击。足利义满隧起兵讨平山名氏清，山名氏清战死，山名家权势急剧式微，史称“明德之乱”。
足利义满当政期间，将前两代幕府将军设置的“执事”改称为“管领”，并付与其极大的权限。管领统辖政所、侍所等中心机构，而将军对处所保护的号令，也必须通过管领传达。在室町幕府前期，“管领”职位由足利氏门下的有力保护细川氏、斯波氏、田三氏三大师族轮番担负，称为“三管领”，直至室町幕府末期，“管领”职位才呈现了私相授受的环境。
除了关东御所，幕府还在各地设置了“保护”和“地头”，其称呼虽与镰仓幕府不异，但是性子却各别。镰仓幕府的保护与地头都是将军的御家人，二者之间是主仆干系，而室町幕府的“保护”和“地头”多数由将军的直系族人和有力家臣担负。为了庇护这些保护、地头的好处，室町幕府授予了其裁判诉讼、措置无主地步、征收税款的特权。这些保护、地头操纵特权在处所大肆并吞庄园，将统领地的军人变成本身的家臣，培植本身的私家武装，逐步生长为保护领国的保护大名。
“营私家”平时卖力保护将军的安然，同时也兼有卖力办理“御料所”，即漫衍于诸分国的将军直辖领上的保护意向的职责。足利义满但愿强化幕府体制，统制和监督各处所的保护阶层，并借此减少其权势。
在减弱了山名氏清家属的权势后，足利义满将下一个目标锁定在了大内义弘的身上。大内义弘具有6国领地，是关西地区最有气力的保护大名。1399年，大内义弘宣布背叛幕府，足利义满亲任总大将，调派细川氏、京极氏和赤松氏为前锋，以总兵力3.6万人攻打大内义弘。两军交兵，大内义弘战死，幕府军队大获全胜。此役产生于应永六年，故史称“应永之乱”。
室町幕府还体例了直接服从于将军的直辖军队，称为“营私家”。体例“营私家”，是足利义满看到本身固然身为将军，却没有直接统领的军队，有鉴于此，他特地从处所保护的军人中剥离出一部分，改编为本身的武装力量。人数约在3000人摆布。
跟着对外贸易的生长，一些港口都会日趋闪现出繁华的气象，手产业和纺织业快速生长，分歧产品之间的互换也日趋频繁，都会的贸易情势也变得日趋多样。每月三次的按期市场“三斋市”从室町中期开端，改成每月六次的“六斋市”。跟着市场的繁华和货色种类的增加，还呈现了近似于明天行业协会的构造——座。越是经济发财的处所，“座”越多。因为“座”的提高与发财，行业种类也随之增加，合作越来越细，促进了商品格量的进步。