1946年5月3日，审判正式开端。远东国际军事法庭采取的是英美法系的对证制，共分为三个阶段：查察官综合陈述和提证；被告状师综合辩白和提证；被告小我辩白和提证。在这以后，就是法官的评断和宣布讯断。
开庭当日，构成军事法庭的11国的查察官向法庭提出告状书，被告原有28人，实际受审者为25人。告状书以粉碎战役罪、战役罪、违背人类罪控告被告自1928年1月1日至1945年9月2日期间犯下的罪过。在审判过程中，最令人感到不测的是中国末代天子溥仪以证人身份呈现在法庭上，这不但引发了全部日本的存眷，也引发了全天下的谛视。溥仪出庭8天，使大量被日本决计坦白的罪过和战役奥妙重见天日，而南京大搏斗幸存者在法庭的呈现，也让被告坦白究竟本相的诡计停业。
这一成果得来不易，因为在对战役罪犯量刑的时候，各方定见并不同一，产生过狠恶的辩论。在远东国际军事法庭的构成国度里，有些国度在二战中并没有遭到日军的直接侵犯，对日本军国主义的残暴罪过贫乏切肤之痛，是以在量刑时老是以本身国度拔除了极刑或是以人道主义为由，反对对那些罪犯处以极刑。
1946年3月20日，在自家的客堂内，42岁的梅汝璈对前来采访他赴东京担负远东国际军事法庭法官一事的记者说道：“审判日本战犯是人道公理的胜利，我有幸受国人之托，作为寂静的国际法庭法官，决竭力依法行事，不负当局与国人嘱望。”
终究美国作出了让步，将国旗移到了中国国旗的前面。审判前最首要的事情是撰写告状书，但是在告状书里该以何年为被告犯法日期的起点这个题目上，各国法官又产生了严峻分歧，有人以为，肇端点应当从1941年12月7日，日军偷袭珍珠港算起，有人以为应当将1937年7月7日发作的“卢沟桥事件”算起，而梅汝璈提出，应以1928年1月1日日本制造“皇姑屯事件”为对日本战犯告状的肇端日。在一番会商后，远东国际军事法庭同意了梅汝璈的主张。
从1950年开端，盟军驻日本最高统帅麦克阿瑟为了拉拢日本，不顾天下各国的反对，将判刑的战役罪犯以各种来由连续开释出狱，有些人还重新走上了政坛。
在电影《东京审判》中，中国法官梅汝璈说过如许一段话：“日本干了甚么？他们杀中国人、杀朝鲜人、杀菲律宾人、杀新加坡人、杀美国人、杀英国人、杀无数无数无辜的布衣！他们掳掠、他们强奸、他们放火、他们殛毙……莫非这些不敷以让他们遭到法律最峻厉的奖惩吗？！如果法律不给日本、不给这些战犯以最峻厉的奖惩，谁敢包管日本有一天不会再次挑起战役？！谁敢包管日本不会再侵犯别的国度？！谁敢包管日本军国主义的幽灵不会再次重生？！”这段话值得我们铭记于心。
1946年4月29日，梅汝璈达到东京后，作为克服国派出的法官，下榻于东京“帝国饭店”。审判将在5月3日正式开端，但在这之前，一个题目摆在了梅汝璈面前。在开庭预演时，庭长韦布宣布入场的挨次为美、英、中、苏、加、法、新、荷、印、菲，把中国法官的坐次排在了英国的前面，这让梅汝璈没法接管，作为同盟国中受日本侵犯最为深重，在反侵犯中进献又最大的克服国之一，梅汝璈对峙以为中国应当排在第二位，他指出：“如论小我之坐位，我本不在乎。但既然我们代表各自国度，我以为法庭坐次应当按日本投降时各受降国的具名挨次摆列才最公道。”