终究美国作出了让步，将国旗移到了中国国旗的前面。审判前最首要的事情是撰写告状书，但是在告状书里该以何年为被告犯法日期的起点这个题目上，各国法官又产生了严峻分歧，有人以为，肇端点应当从1941年12月7日，日军偷袭珍珠港算起，有人以为应当将1937年7月7日发作的“卢沟桥事件”算起，而梅汝璈提出，应以1928年1月1日日本制造“皇姑屯事件”为对日本战犯告状的肇端日。在一番会商后，远东国际军事法庭同意了梅汝璈的主张。
1946年1月19日，按照1945年12月在莫斯科停止的有关对产生于亚太地区的大范围侵犯战役负有首要任务的日本战役罪犯停止审判的决定，远东盟军统帅部公布公告，决定设置由中国、苏联、美国、英国、法国、荷兰、菲律宾等11个国度构成的远东国际军事法庭。军事法庭庭长由澳大利亚法官韦布担负，查察长为美国状师基南。中国方面派出的法官是闻名法学家梅汝璈。
开庭当日，构成军事法庭的11国的查察官向法庭提出告状书，被告原有28人，实际受审者为25人。告状书以粉碎战役罪、战役罪、违背人类罪控告被告自1928年1月1日至1945年9月2日期间犯下的罪过。在审判过程中，最令人感到不测的是中国末代天子溥仪以证人身份呈现在法庭上，这不但引发了全部日本的存眷，也引发了全天下的谛视。溥仪出庭8天，使大量被日本决计坦白的罪过和战役奥妙重见天日，而南京大搏斗幸存者在法庭的呈现，也让被告坦白究竟本相的诡计停业。
这一成果得来不易，因为在对战役罪犯量刑的时候，各方定见并不同一，产生过狠恶的辩论。在远东国际军事法庭的构成国度里，有些国度在二战中并没有遭到日军的直接侵犯，对日本军国主义的残暴罪过贫乏切肤之痛，是以在量刑时老是以本身国度拔除了极刑或是以人道主义为由，反对对那些罪犯处以极刑。