为了不在两边之间形成更大的对峙，也为了获得权力的均衡，幕府实施了所谓的“公武合体”。“公武合体”实际上是幕府和天皇相互让步的产品，由此，本来支撑“攘夷”的孝明天皇也转而支撑“公武合体派”，并将本身的mm和宫嫁给了幕府的第十四代将军德川家茂。天皇朝廷但愿以这类体例使“公武合体”得以稳固，天皇的权威也能是以加强。但是天皇的行动让一部分“尊王攘夷派”非常不睬解，他们纷繁表示反对天皇与幕府结合。
为了替死去的志士报仇，水户、萨摩两藩的“攘夷派”志士在1860年3月24日建议了一次暗害行动。他们的目标就是形成“安政大狱”的幕后黑手井伊直弼。这一每天空飘着细细的白雪，17个水户藩志士人和1个萨摩藩志士埋伏在井伊直弼宅邸四周的樱田门，乘机行刺。当井伊直弼乘坐宠儿由60人构成的保护队从家中出来时，志士们策动了突袭。固然井伊直弼的保护在人数上占有上风，但因事出俄然，保护一时没有反应过来，志士们操纵这一机会，接连砍翻几名保护，直接冲到宠儿里，砍下井伊直弼的首级，然后四散窜匿。这一过程中，有几名志士前后被砍成重伤，后切腹他杀而死。有8人带伤向官府自首，2人在流亡途中被幕府抓捕，1人于流亡两年后他杀，只要2人在流亡后得享余年。
看到新天皇的一系列行动后，为了摸索天皇的企图，幕府将军德川庆喜以退为进，向朝廷提出辞去将军一职。倒幕派以为其是在冒充迟延，因为德川庆喜即便离职，还是具有大量的直辖领地和武装，这些都对天皇权力构成威胁。倒幕派决定对德川庆喜的权势采纳完整的打击，但是没等他们脱手，德川庆喜却先动手了。
斗争的得胜使“尊王攘夷派”熟谙到若想抵抗本国侵犯，使本国独立强大，必须先打倒软弱无能的幕府。“尊王攘夷派”随即窜改计谋，由“攘夷派”转化成了“倒幕派”。1867年1月30日，孝明天皇归天，16岁的睦仁太子即位。在倒幕派的鼓励和支撑下，1867年12月9日，睦仁天皇实施“王政复古”，拔除摄政、关白、幕府，设立“总裁”、“议定”和“参与”三个新职务；公布《王政复古大号令》作为施政纲领。
1月27日傍晚，幕府军开端策动打击，遭到了倒幕军固执的阻击，幕府军未能进步一步，而倒幕军狠恶的炮火却使幕府军伤亡惨痛。幕府军决定趁夜色建议突袭，但是倒幕军早有筹办，突袭失利。到次日凌晨，幕府军开端败退，倒幕军乘胜追击，于1月30日攻占了大阪，本来在大阪等待胜利动静的德川庆喜在城破前已乘坐兵舰从大阪逃到了江户。倒幕军专攻江户，江户守军偶然抵当，投降了倒幕军。德川幕府近300年的统治宣布闭幕。以后，德川庆喜被封于静冈，后迁至骏府，1913年，他因肺炎归天，享年77岁，他是德川幕府历代将军中最长命的一个。
1868年1月26日，1.5万名幕府军兵分两路朝京都进发，第二天凌晨，一起8000人来到京都四周的伏见，另一起7000人来到鸟羽，筹办对京都构成包抄。倒幕派当即构造气力最强的长州藩和萨摩藩分兵御敌。当时的倒幕甲士数只要幕府军的三分之一，但是他们设备精美，士气昂扬，并且还遭到百姓的拥戴和支撑。