在“三清尊神”中，以太上老君呈现最早。东汉末五斗米道建立时，即以太上老君为至高神。至东晋上清、灵宝派出，其《上清》、《灵宝》经中，始接踵呈现元始天王、元始天尊、太上玉晨大道君、太上大道君等新的至高神。鉴于各派新呈现浩繁神灵，梁陶弘景《真灵位业图》，诡计予以体系化，此中“三清尊神”的雏形已根基建立。
三清为道家哲学“三一”学说的意味。《品德经》第四十二章曰：“道生一，平生二，二生三，三生万物，万物负阴而抱阳，冲气觉得和。”由知名大道化生浑沌元气，由元气化生阴阳二气，阴阳之相和，生天下万物。第十四章又说：“视之不见名曰夷，听之不闻名曰希，抟之不得名曰微。”据《云簋七籖》和《道法会元》等道书记录，道天尊居之。”（《云簋七籖》卷三《玄门本始部》）又据《集说诠真》引《读书纪数略》云：”按照《道法会元》卷一《清微道法关键》关于清微神位的记录；太玄辅之，正一盟威之道通贯三洞，传品德派和正一派。
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“此即上清境太上大道君，位在三十四天之上也，”“太清境太极宫即太上老君，位在三十三天之上也。”南宋金允中在切磋与总结以上三清、三宝、三洞之间的干系后，以为：“三尊之号在经中只称元始天尊、太上道君、太上老君；其别号则曰天宝君、灵宝君、神宝君；以三境之名而称之则曰玉清、上清、太清；以三洞之书而名之则曰洞真、洞玄、洞神。”
南朝梁陶弘景撰《真灵位业图》，共分七个神阶，元始天尊列为第一神阶的中位，《隋书·经籍志》也载：“道经者云：有元始天尊，生于太元之先，禀天然之气，冲虚凝远，莫知其极。”道书以为：“玉清元始天尊也，本玄一之气，固结至高曰天，上有主宰谓之帝，道居帝之先，故为元始。”唐末羽士杜光庭于广明二年（881）进《三界混元图》于朝，此中叙曰“天尊者极道之宗元，挺生天然，消则为气，息则为形，不无不有，非色非空，不终不始，永存绵绵。
注曰：‘天宝君玉清元始天尊也。’灵宝君者则洞玄之尊神，注曰：‘灵宝君上清天尊也。’神宝君者则洞神之尊神，注曰：‘神宝君太清天尊也。’但此“三宝尊神”开端并非“三清尊神”，按唐武宗时（841～846）的玄门神灵摆列，先为元始天尊，太上大道玉晨君，太上老君（即三清尊神），厥后为“玉清大有天宝君，上清妙玄灵宝君，太清太极神宝君三宝尊神”。
居上境为万天之元，居中境为万化之根，居下境为万化之尊，知名可宗，强名曰天尊，盖世人尊之如天，仰之则弥高，攀之则无阶，杳杳冥冥……生万物而不为主宰，御万化而不为言，至尊、至极，故曰天尊也。”《云笈七签》卷一百一《元始天王纪》云：“元始天王禀天天然之胤，结形未沌之霞，托体虚生之胎，生乎浮泛之际。时玄景未分，天光冥远，浩漫太虚，积七千余劫，天朗气清，二晖缰络，玄云紫盖映其首，六气之电翼其真……进登金阙，受号玉清紫虚高上元皇太上大道君……元皇位在玉清，掌括上皇高帝之真。”总之，从两晋到南北朝时，元始天尊已慢慢驾临于太上老君之上，成为玄门第一名至高神。