1528年，他回到西班牙，在他的老友，墨西哥征服者科尔特斯的帮忙下，他的殖民征服打算获得了西班牙国王查尔斯五世的大力支撑，并受权让他为西班牙去征服印加帝国，还为他供应了充足的经费。他被任命为瓜亚基尔湾以南殖民地的督军、行政长官和毕生的侯爵，能够获得新殖民地五分之四的财产。阿尔马格罗为印加帝国的都会通贝斯城的司令，神甫卢克为通贝斯城的主教。跟随他的那13懦夫，全被授予世袭的骑士称呼，每人分到1000个印第安人仆从和大量的庄园地盘。直到1531年，已经56岁的他和本身同父异母的哥哥埃尔南多，及两个弟弟胡安和贡萨罗带领一支不敷200人的步队从巴拿马起航，去征服人丁约为600多万的印加帝国。
见贡萨洛不敢吭气，皮萨罗又说，“你的岗哨是如何安插的？你的告急撤离是如何安排的？粮食堆栈由谁来卖力守备？另有官兵们的家眷和财产如何把守？这些你都考虑过了没有？”贡萨罗低着头，无话可答。皮萨罗一拍桌子，喝道，“顿时把这些都安插好，我明天一早就来查抄，呈现题目，我撤你的职。”说完，便气呼呼地甩门而出。
1524年，他带领112个西班牙人和少量印第安人俘虏，对秘鲁停止了第一次探险，只获得了少量的黄金。两年以后，他和阿尔马格罗带领160人的步队停止第二次远征和探险。在厄尔多瓜登岸后，他们与无数的印第安人产生了苦战。阿尔马格罗是以瞎了一只眼睛。皮萨罗见势不妙，便派阿尔马格罗回巴拿马求援。
再往前走，便是阿尔马格罗的营区。他感觉这里应当由阿尔马格罗本身卖力，本身没有需求管得太多，管多了人家不但不爱听，反会感觉本身插手太多，管得太宽，会影响两位带领人及其官兵之间的干系。
皮萨罗赶紧向兵士们摆了摆手，说，“你们忙本身的事吧，我不过随便出来看看。”兵士仍立在那边，说，“我们不忙。”皮萨罗便用非常亲热的口气问道，“再过两天就要向库斯科进军了，你们都筹办好了吗？”兵士说筹办好了。皮萨罗点了点头，说，“你们小队但是担负着开路前锋的任务，能够会在路途中碰到很多料想不到的困难和险情，你们在思惟上要有所筹办呀。”兵士们答复说，“索托上尉这几天一向在对我们停止全天练习，并且也对各种能想到的遭受做了充分的阐发和筹办，请司令长官放心吧。”
但是，巴拿马的督军已换成了里奥斯。这位督军并不但愿让皮萨罗征服印加帝国，单独占有那边的财产和资本，便截留了阿尔马格罗，派人将皮萨罗召回，强令他放弃征伏侍业。皮萨罗在绝望当中，抽出腰间的宝剑，在海滩沙地上划了一条线，大声对火伴说：英勇的卡斯提尔的朋友们，这边是巴拿马和贫困，那边是秘鲁和黄金。请你们挑选！成果，有13人决定跟随皮萨罗。
他一起轻飘飘地走到了阿马斯广场上。此时，太阳已落在了群峰之上，回光返照的金辉下，能够看到一些印第安人正在裁撤主席台上的物品，打扫着广场上的空中。他在广场上站了一会，看着天气还早，就想找点事做。可不，前段时候，因为要分派黄金，驱逐阿尔马格罗和处决印加大王，另有要为新国王加冕等诸多的要事，的确要把他忙坏了。可现在，统统的事情都忙完了，没事可做了。只剩下出征与进军库斯科了。以是，俄然闲了下来，道让他一时不知该干吗了。他想了想，感觉还是应当到各个虎帐里去观察一下，看看兵士们筹办得如何样，另有甚么困难和意想不到的事情。