1528年，他回到西班牙，在他的老友，墨西哥征服者科尔特斯的帮忙下，他的殖民征服打算获得了西班牙国王查尔斯五世的大力支撑，并受权让他为西班牙去征服印加帝国，还为他供应了充足的经费。他被任命为瓜亚基尔湾以南殖民地的督军、行政长官和毕生的侯爵，能够获得新殖民地五分之四的财产。阿尔马格罗为印加帝国的都会通贝斯城的司令，神甫卢克为通贝斯城的主教。跟随他的那13懦夫，全被授予世袭的骑士称呼，每人分到1000个印第安人仆从和大量的庄园地盘。直到1531年，已经56岁的他和本身同父异母的哥哥埃尔南多，及两个弟弟胡安和贡萨罗带领一支不敷200人的步队从巴拿马起航，去征服人丁约为600多万的印加帝国。
皮萨罗侯爵跟印加大王的孩子们在一起吃过饭后，心感情应非常地满足和畅快，乃至感觉这些孩子就是他本身的孩子了。吃过晚餐，他老是喜好出外转转。这是他的风俗。而出外闲转的线路也几近是牢固稳定的。从这里走到阿马斯广场，那边有条通往城镇和曾关押过印加大王的神庙小院的巷子，另有通往印加大王行宫和马队小队虎帐的通衢。他决定先到阿马斯广场上转一圈。
屋里住着的三个兵士，一人正在给远在西班牙的家人写信，一人正在擦着火绳枪，另一人正躺在床上看书。皮萨罗进到屋里，见三人都有事可做，内心感觉挺对劲，便向大师打着号召，“你们好。”兵士们见是司令官来了，赶快停动手里的活，起家立正，向司令官施礼，“请司令长官唆使。”
皮萨罗赶紧向兵士们摆了摆手，说，“你们忙本身的事吧，我不过随便出来看看。”兵士仍立在那边，说，“我们不忙。”皮萨罗便用非常亲热的口气问道，“再过两天就要向库斯科进军了，你们都筹办好了吗？”兵士说筹办好了。皮萨罗点了点头，说，“你们小队但是担负着开路前锋的任务，能够会在路途中碰到很多料想不到的困难和险情，你们在思惟上要有所筹办呀。”兵士们答复说，“索托上尉这几天一向在对我们停止全天练习，并且也对各种能想到的遭受做了充分的阐发和筹办，请司令长官放心吧。”
印加悲歌（长篇小说）《印加帝国的毁灭》（下卷）张宝同
但是，巴拿马的督军已换成了里奥斯。这位督军并不但愿让皮萨罗征服印加帝国，单独占有那边的财产和资本，便截留了阿尔马格罗，派人将皮萨罗召回，强令他放弃征伏侍业。皮萨罗在绝望当中，抽出腰间的宝剑，在海滩沙地上划了一条线，大声对火伴说：英勇的卡斯提尔的朋友们，这边是巴拿马和贫困，那边是秘鲁和黄金。请你们挑选！成果，有13人决定跟随皮萨罗。
见贡萨洛不敢吭气，皮萨罗又说，“你的岗哨是如何安插的？你的告急撤离是如何安排的？粮食堆栈由谁来卖力守备？另有官兵们的家眷和财产如何把守？这些你都考虑过了没有？”贡萨罗低着头，无话可答。皮萨罗一拍桌子，喝道，“顿时把这些都安插好，我明天一早就来查抄，呈现题目，我撤你的职。”说完，便气呼呼地甩门而出。