1524年，他带领112个西班牙人和少量印第安人俘虏，对秘鲁停止了第一次探险，只获得了少量的黄金。两年以后，他和阿尔马格罗带领160人的步队停止第二次远征和探险。在厄尔多瓜登岸后，他们与无数的印第安人产生了苦战。阿尔马格罗是以瞎了一只眼睛。皮萨罗见势不妙，便派阿尔马格罗回巴拿马求援。
皮萨罗侯爵跟印加大王的孩子们在一起吃过饭后，心感情应非常地满足和畅快，乃至感觉这些孩子就是他本身的孩子了。吃过晚餐，他老是喜好出外转转。这是他的风俗。而出外闲转的线路也几近是牢固稳定的。从这里走到阿马斯广场，那边有条通往城镇和曾关押过印加大王的神庙小院的巷子，另有通往印加大王行宫和马队小队虎帐的通衢。他决定先到阿马斯广场上转一圈。
出乎所料的是，他所经历的统统竟是那样地顺风顺水，一帆风顺，没有死多少人，也没有太大的丧失，就把这个帝国占据了和征服了。与他的崇拜者，阿谁墨西哥征服者科尔特斯比拟，他的功劳和成绩仿佛更加地显耀光辉。他的名字也将会被西班牙人乃至是全部天下所记着。
但是，巴拿马的督军已换成了里奥斯。这位督军并不但愿让皮萨罗征服印加帝国，单独占有那边的财产和资本，便截留了阿尔马格罗，派人将皮萨罗召回，强令他放弃征伏侍业。皮萨罗在绝望当中，抽出腰间的宝剑，在海滩沙地上划了一条线，大声对火伴说：英勇的卡斯提尔的朋友们，这边是巴拿马和贫困，那边是秘鲁和黄金。请你们挑选！成果，有13人决定跟随皮萨罗。
1528年，他回到西班牙，在他的老友，墨西哥征服者科尔特斯的帮忙下，他的殖民征服打算获得了西班牙国王查尔斯五世的大力支撑，并受权让他为西班牙去征服印加帝国，还为他供应了充足的经费。他被任命为瓜亚基尔湾以南殖民地的督军、行政长官和毕生的侯爵，能够获得新殖民地五分之四的财产。阿尔马格罗为印加帝国的都会通贝斯城的司令，神甫卢克为通贝斯城的主教。跟随他的那13懦夫，全被授予世袭的骑士称呼，每人分到1000个印第安人仆从和大量的庄园地盘。直到1531年，已经56岁的他和本身同父异母的哥哥埃尔南多，及两个弟弟胡安和贡萨罗带领一支不敷200人的步队从巴拿马起航，去征服人丁约为600多万的印加帝国。