天启天子以为朝鲜固然帮手后金，但不该该计算属国的错误，才是□□宇量。因而下诏给毛文龙，要求毛文龙不计前嫌，出兵援朝。他说：“奴兵东袭毛帅，锐气未伤，深慰朕怀。美人导奴出境，固自作孽，但属国不支，折而入奴，奴势益张，亦非吾利。还速谕毛帅相机应援，无怀宿嫌，致误大计。[3]”
1637年正月三旬日，仁祖带领群臣出南汉山城，徒步前去汉江东岸的三田浦清营拜见皇太极，伏地请罪。皇太极降旨赦之。两边筑坛盟誓，朝鲜去来岁号，交纳明朝所赐诰命敕印，奉清朝正朔，定时进献，并送质子二人。别的，朝鲜朝廷中主战最果断的洪翼汉、尹集、吴达济三人被清军索要，在沈阳就义，号称“三学士”。此役为朝鲜汗青上闻名的“丙子虏乱”。清朝班师途中顺势攻陷皮岛，肃除了明朝在辽东本地的最后一颗钉子。[3]
仁祖在三田渡向皇太极膜拜
具有高度发财的儒家文明、以“小中华”自居的朝鲜沦为掉队的山林打猎民族建立起来清朝的藩属国，在当时的朝鲜是令君臣百姓都痛心疾首的事情，丙子虏乱对朝鲜社会、文明的打击非常大。国王和两班的权威一落千丈。清朝的征索也减轻了朝鲜的承担。经济打劫、政治逼迫、文明差别，使得终朝鲜之世，思明反清的情感一向都是社会思潮的支流。
天启七年（1627年）初，后天子皇太极一面调派方金纳为首的九人代表团，前去宁远与当时的辽东巡抚袁崇焕媾和，以迷惑明朝方面。一面派镶蓝旗旗主阿敏、镶白旗旗主阿济格、镶红旗旗主岳托，贝勒济尔哈朗、杜度、硕托，总兵李永芳等人率雄师攻打东江镇，以消弭亲信之患。对于后金的出兵人数，袁崇焕说有十万：“闻奴兵十万掠鲜、十万居守。[3]”朝鲜以为毛文龙必败，为自保倒向后金，向后金雄师供应朝鲜打扮“引贼俱换丽帽丽服[4]”冒充朝鲜军围攻铁山。铁山都司毛有俊等率千余名守军与后金雄师血战，战至最后一卒，无人肯降，毛有俊拔刀自刎，壮烈就义。
朝鲜史料则以为是朝鲜官方的义兵打败了后金雄师，毛文龙坐困穷岛，毫无作为。
战后，朝鲜仍旧视明朝为宗主国，并派人上表，将战役颠末奉告明廷。
丙子虏乱以后，朝鲜成为清朝的从属国。世子李溰长居沈阳，别的一质子则由凤林大君和麟坪大君轮番担负。同时朝鲜还要岁贡黄金百两、白银千两、白苎布200匹、各色绵细2000匹、各色细麻布400匹、各色粗布万匹、米万包等等。
1636年丙子（明崇祯九年，朝鲜仁祖十四年，后金崇德元年），皇太极正式由汗改称天子，改国号大清，族名满洲。他事前将此事通报朝鲜，但愿朝鲜参与劝进。朝鲜闻讯大哗，堆集近10年的仇恨、热诚情感一并迸发。朝鲜臣僚纷繁痛切陈词，“使彼虏得知我国之所秉守，不成以干纪乱常之事有所犯焉。则虽以国毙，能够有辞于天下后代也”。在一片慷慨激昂的氛围下，仁祖拒不访问后金使团，不接管其来书。后金使团愤然分开汉城，沿途百姓“观者塞路，顽童或掷瓦砾以辱之”。
随后，后金铁骑乘夏季冰坚，打击与铁山仅三里之隔的云从岛。毛文龙率部英勇反击，派部将毛有见、尤景和等逆袭后金军。两边在冰面上展开狠恶战役。东江健儿面对兵器、设备和人数都占上风的后金军，毫无惧色，浴血奋战，两边互有杀伤，后金军强攻多日，始终不能进步一步。后金主帅阿敏见军队伤亡太大，占不到半点便宜，遂迁怒于朝鲜人，转而打击朝鲜义州和安州，攻破城池，大开杀戒。到手后，又率雄师移向朝鲜都城王京，筹办灭掉朝鲜称王，朝鲜国王李倧一面仓促出逃，一面遣使向明朝和毛文龙请罪，说导敌不是本身的主张，而是臣子所为，要求援救。