“丁卯之役”之始，后金判定明军主帅毛文龙极有能够在铁山，遂于朝鲜方面勾搭，冒充朝鲜人突袭铁山，若胜利便能成为一次超卓的“斩首行动”，表现了其首级皇太极一惯大胆、判定的风格。但是，因为非常偶尔的启事，毛文龙不在铁山，后金突袭失利，使得战事情成耐久战，一拖再拖，终究让明军反败为胜。
具有高度发财的儒家文明、以“小中华”自居的朝鲜沦为掉队的山林打猎民族建立起来清朝的藩属国，在当时的朝鲜是令君臣百姓都痛心疾首的事情，丙子虏乱对朝鲜社会、文明的打击非常大。国王和两班的权威一落千丈。清朝的征索也减轻了朝鲜的承担。经济打劫、政治逼迫、文明差别，使得终朝鲜之世，思明反清的情感一向都是社会思潮的支流。
仁祖在三田渡向皇太极膜拜
毛文龙接到圣旨今后，不顾本身粮饷完善，决然率部进入朝鲜，反击后金雄师。在天寒地冻的环境中，东江军衣不蔽体，食不充饥，每日“拉死尸为食[4]”，仍在毛文龙的鼓励下，固执作战。两边在宣州、晏庭、车辇、义州等地几次拉锯，而跟着气候逐步转暖，战事逐步向无益东江军的方面窜改。跟着河水、海水的解冻，东江军逐步依托朝鲜境内的大小河道，把以马队为主的后金困住，多次重创敌军，“三战三捷，困奴于银杏江[3]”，随于千家庄、瓶山一带与后金主力展开决斗，“文龙自率兵出，大战，杀固山3、牛鹿八人，斩两千余级。[5]”阿敏不得不放弃在朝鲜称王的筹算，“杀出一条血路回到本土[6]”，东江军获得了战役的最后胜利。
该年四月，皇太极在沈阳正式停止称帝大典，朝鲜使臣罗德宪、李廓拒不下拜。皇太极非常愤恚，以为这是朝鲜国王成心成仇，决定举兵再征朝鲜。该年十仲春二日，皇太极亲身统帅十万雄师亲征朝鲜。清军渡江后，扬野战之长，舍坚城而不攻，长驱而南，仅仅十二天便到达王都城下。京畿以内“高低惶惑，罔知所为，都城士大夫，扶老携幼，哭声载路”。仁祖再次将王妃、王子和大臣老婆送往江华岛出亡，本身则带领文武百官退守南汉山城等候各路勤王军的到来，同时派出崔鸣吉等人赴清营构和，迟延时候。朝鲜请和书中写道“朝鲜国王谨上言于大清宽温仁圣天子：小邦获戾大国，自速兵祸，居住孤城，危迫朝夕……如念蒙丁卯誓天之约，恤小邦生灵之命，容令小邦改图改过，则小邦之洗心处置，自今始矣。必欲穷兵，小邦理穷势极，以死自期罢了”如此。皇太极见朝鲜君臣乞降之切，毫无斗志，乃对其迫降，命令清军包抄南汉山城，砍木列栅，绕城驻守，山城内粮草断绝，不得不杀马充饥。各路勤王军队也被清军击败，朝鲜君臣只要坐困孤城。仁祖曾经爬到南汉山城的南门，看到城下清军黑压压一片，不由长叹。清军在望月峰上升白旗书招降二字，又致书仁祖，令其出城投降。仁祖则答信“重围未解，帝怒方盛”，以是不能出城请降，“前人有城上拜天子者，盖以礼有不成废，而兵威亦可骇也……”。见朝鲜方面还在胶葛于出城投降的细节，不耐烦的皇太极命令用火炮攻城，同时清军又攻占了江华岛，俘虏王妃、王子、宗室76人，动静传来，见局势已去，仁祖只好乞降。