皇太极打锦州、宁远不下，便窜改了计谋，于1629年（崇祯二年）农历十月率十万雄师从蒙古方向攻入长城，一向打到北都城下。当时，明朝军队主力都在山海关外布守，袁崇焕急率祖大寿驰援北都城，并在广渠门外与皇太极展开苦战。孤军深切的皇太极怕袁崇焕与北都城表里合击，不得不撤兵而走，清人烧毁明朝的大量原始记录，为神化本身编造谎言说临走时布下所谓反间计。崇祯天子将袁崇焕下狱问罪，祖大寿既寒心又气愤，率部东走，崇祯天子无法之下让袁崇焕写信招回祖大寿，孙承宗也遣使安抚，请祖大寿建功赎袁崇焕之罪，祖大寿便又回到了关内。[8]
1639年（明崇祯十二年，清崇德四年）农历仲春，皇太极再次打击明朝，以武英郡王阿济格为前锋，亲身督军包抄松山。明朝崇祯帝下召号令祖大寿前去援助松山，祖大寿方才行军，清军就到了，因而祖大寿去宁远驻守。
因而皇太极命多尔衮、济尔哈朗等带兵轮番攻锦州。1641年（明崇祯十四年，清崇德六年）农历三月，皇太极再次出兵围攻锦州。明蓟辽总督洪承畴率吴三桂等八总兵领兵十三万来援，驻扎在松山。皇太极亲率军队堵截明军粮道，明军大乱。清军顺势掩杀，总督洪承畴等被围于松山。
大凌河之战
满门皆荣
再次降清
拜见词条：己巳之变
皇太极：“能久守者，读书明理之效。”[12]
崇祯天子三次下诏，命祖大寿进京觐见，祖大寿都借端推让，始终死守在锦州城里。
因病归天
1642年（明崇祯十五年，清崇德七年）农历三月初，被围困了整整一年的锦州粮绝援尽，城中杀人相食的惨状再度重演。因而祖大寿在三月初八亲率部众开城出降。
因而皇太极又亲身写信给祖大寿，他解释说：“畴昔杀辽民确有其事，我深为悔怨，我们早就不那样做了。至于永平屠城那是二贝勒阿敏所为，他是以也遭到了严惩，但愿你不要存此成见。但祖大寿等还是不信。
明军几路救兵四次援救，都被后金军击败。祖大寿的多次突围也没有胜利。大凌河城被围了三个月，城内的粮食吃完了就杀马吃，马吃没了，就杀人相食。大凌河城百姓被充作军粮杀尽。
1630年（崇祯三年）春，后金军霸占明朝永划一四城，皇太极传闻祖大寿的族人居住在永平三十里村，就号令军队去抓人，获得祖大寿一个侄子及其亲戚家眷。皇太极给祖大寿侄子一所室第，并派兵监督。
捷报传到盛京，皇太极大喜过望，命人立即将祖大寿送到盛京。当祖大寿跪倒在崇政殿时，皇太极走下宝座，亲身将他扶起，好言安抚：“你前次叛变我是为了你的主子，为了你的老婆后代和宗族。我曾经对大臣们说过，祖大寿必然不能死，如果今后再次投降，我也决不会杀他。事情畴昔就畴昔了，只要今后能够经心极力地奉养我便能够了。”
投降后的祖大寿向皇太极建言：本身老婆后代均在锦州城里，趁锦州不知本身已经投降，愿带一支兵马去锦州，在城里当内应，篡夺锦州城。皇太极同意放祖大寿去锦州城。
梁启超：“祖氏兄弟，大寿、大弼、大乐以督师裨将，遵其方略，犹能为睢阳之守着岁余，非洪承畴之降，锦州固未易下也。”[15]