1630年（崇祯三年）春，后金军霸占明朝永划一四城，皇太极传闻祖大寿的族人居住在永平三十里村，就号令军队去抓人，获得祖大寿一个侄子及其亲戚家眷。皇太极给祖大寿侄子一所室第，并派兵监督。
因而皇太极又亲身写信给祖大寿，他解释说：“畴昔杀辽民确有其事，我深为悔怨，我们早就不那样做了。至于永平屠城那是二贝勒阿敏所为，他是以也遭到了严惩，但愿你不要存此成见。但祖大寿等还是不信。
皇太极命令停止打击松山，后金军返回盛京（今辽宁沈阳）。因而祖大寿又进入锦州驻守。
光复永平
蔡东藩：”献城卖国卖友。“[16]
拜见词条：己巳之变
捷报传到盛京，皇太极大喜过望，命人立即将祖大寿送到盛京。当祖大寿跪倒在崇政殿时，皇太极走下宝座，亲身将他扶起，好言安抚：“你前次叛变我是为了你的主子，为了你的老婆后代和宗族。我曾经对大臣们说过，祖大寿必然不能死，如果今后再次投降，我也决不会杀他。事情畴昔就畴昔了，只要今后能够经心极力地奉养我便能够了。”
崇祯天子三次下诏，命祖大寿进京觐见，祖大寿都借端推让，始终死守在锦州城里。
皇太极于1631年（崇祯四年）农历十月七日和十月九日这两天前后致书祖大寿、何可纲、副将张存仁，劝其速降。但仍遭到祖大寿的回绝。
因而皇太极命多尔衮、济尔哈朗等带兵轮番攻锦州。1641年（明崇祯十四年，清崇德六年）农历三月，皇太极再次出兵围攻锦州。明蓟辽总督洪承畴率吴三桂等八总兵领兵十三万来援，驻扎在松山。皇太极亲率军队堵截明军粮道，明军大乱。清军顺势掩杀，总督洪承畴等被围于松山。
祖大寿一回到锦州城就构造防备，抗击清军。辽东巡抚丘禾嘉向朝廷参奏祖大寿率队献城投降，崇祯天子不但没有降罪，反而晋升祖大寿为左都督，领锦州。
祖大寿被授予汉军正黄旗总兵的职位。塔山、杏山也接踵落入清军之手。山海关外，仅存宁远一座孤城。祖大寿的外甥吴三桂既是明军事重镇宁远总兵，又是辽东提督，率领关外明军。皇太极让祖大寿写信招降吴三桂，吴三桂复书回绝。[2]
1631年（崇祯四年）农历十月二十八日，祖大寿杀死宁死不降的何可纲，大开城门，率众将来到金营。皇太极与代善、莽古尔泰及众贝勒众大臣，一齐昌大驱逐祖大寿一行。后两边登坛发誓祭天，盟誓祭天毕，皇太极携祖大寿手进入大帐，为祖大寿设席道贺。[2]
不久，崇祯天子号令祖大寿与山西总兵马世龙、山东总兵杨绍基会师，带领副将祖大乐、祖可法、张弘谟、刘天禄、曹恭诚等打击滦州，攻取滦州以后，进逼永平，贝勒阿敏等丢弃四周城池领兵返回后金。因而，祖大寿又回到锦州火线戍守。但祖大寿从不但成分开虎帐，恐怕叫东厂的间谍抓了去。[9]
逃回锦州
1638年（明崇祯十一年，清崇德三年）农历十月，皇太极亲身带领军队打击明朝，带领郑亲王济尔哈朗、豫亲王多铎出宁远、锦州大道；睿亲王多尔衮为右翼，自青山关入；贝勒岳讬为右翼，自墙子岭入。祖大寿在中后所（今辽宁绥中县城）屯兵，领兵偷袭多铎，多铎败北。第二天，多铎与济尔哈朗合兵出战，祖大寿出兵回中后所。不久，皇太极亲身来到中后所，派使者给祖大寿带话：“高傲凌河一别后已过数年。我不畏艰苦而来，就是但愿与将军见上一面。至于将军是归降我大清还是仍留在大明，毫不勉强，将军本身决定去留。前次是我开释了将军，如借会晤之名诱捕将军，我还凭甚么取信天下之人呢？这些年将军固然多次率队与我军产生抵触，但我晓得你是在履行号令，尽本身的职责，我不会放在心上的，请将军不要思疑。”