天启七年（1627年），明熹宗驾崩，明思宗朱由检即位，设想将魏忠贤撤除，并把之前冒领军功的人削职。在朝中大臣的建议下，袁崇焕得以重新被启用，被任命为兵部尚书兼任右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务。同年七月，袁崇焕返回都城，上疏陈述兵事，朱由检于平台召见袁崇焕，袁崇焕宣称本身能够五年复辽，朱由检对此大加赞美。给事中许誉卿问袁崇焕复辽的战略，袁崇焕却说是用这类话安抚皇上。许誉卿说：“皇上贤明，怎麽能够随便应对。他日遵循刻日寻求效果，你该怎麽办？”袁崇焕也感觉本身讲错了，因而上奏说：“五年复辽的打算不轻易完成，陛下既然拜托给臣，臣怎麽敢推让这艰巨的任务。但是五年内，户部转运军饷，工部供应东西，吏部用人，兵部调兵选将，必须朝廷表里事事共同，才气有所胜利。”朱由检因而让四部的臣遵循袁崇焕的话办。[26]
宁锦之战后，满桂、赵率教等人都获得了应有的犒赏，但袁崇焕却因为魏忠贤让他的翅膀弹劾袁崇焕不救济锦州，论功行赏时，只给袁崇焕增加一级官阶。尚书霍维华为此感到不平，上疏祈求辞去荫袭子孙的犒赏，但魏忠贤不准。七月，袁崇焕去官回籍。明廷以王之臣代替袁崇焕为督师兼任辽东巡抚，驻扎宁远。
崇祯二年（1629年），驻守宁远的来自于川、湖等地的兵士因为军饷的事而叛变，袁崇焕用计将其安定。而后袁崇焕要求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，袁崇焕自驻宁远，同时上书给朱由检死力奖饰祖大寿等三人的才气，并说本身五年复辽的打算端赖这三人来实现，如果五年后没有实现，他将亲手将这三人斩杀，本身到司法部分领罪服死。朱由检加封袁崇焕为太子太保，并赐给蟒衣银币。[28]