愤而去官
同年蒲月，袁崇焕以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设席与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，毛文龙没有发觉到袁崇焕的来意。袁崇焕发起变动虎帐轨制，设置监察官员，毛文龙对此建议感到不欢畅，袁崇焕用回籍来打动他，毛文龙说：“我向来有这个意义，但只要我晓得辽东的事件，辽东的事情处理后，朝鲜衰弱，能够攻击占有。”袁崇焕对毛文龙的答复感到不欢畅。[30]
崇祯二年（1629年）十一月，后金主皇太极举兵数十万别离进入龙井关、大安口，袁崇焕听闻后带领祖大寿、何可刚入关保卫，所颠末的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城，都分兵留守。天子朱由检得知后非常欢畅，命令嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领批示各地救兵。[34]
尤世禄刚要整备解缆，后金军又分兵来攻宁远，袁崇焕与刘应坤、毕自肃率将士登上城楼戍守，在濠沟内排布阵营，用炮远间隔轰击。而满桂、尤世禄、祖大寿在城外与后金军搏战，死伤比较多，满桂也中箭负伤。[23]
后金军从宁远撤退后增加锦州的守势，但仍旧没法霸占，并且伤亡惨痛，六月，后金军撤兵，史称“宁锦大捷”。而后金军撤兵时顺道破坏大小凌河二城。[24]
袁崇焕杀了毛文龙以后，惊骇他的部下叛变，因而增加他们的饷银，但是岛上的人没有主帅，民气背叛，难以利用，而后会导致叛离。袁崇焕上书给明廷：“东江镇是管束仇敌所必须依托的。现肯定两协的体例，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万，米十三万六千。”天子朱由检对兵员减少军饷却增加的事感情应疑虑，但是一看是袁崇焕奏请的，也就承诺了他。[33]
宁锦之战后，满桂、赵率教等人都获得了应有的犒赏，但袁崇焕却因为魏忠贤让他的翅膀弹劾袁崇焕不救济锦州，论功行赏时，只给袁崇焕增加一级官阶。尚书霍维华为此感到不平，上疏祈求辞去荫袭子孙的犒赏，但魏忠贤不准。七月，袁崇焕去官回籍。明廷以王之臣代替袁崇焕为督师兼任辽东巡抚，驻扎宁远。
蒲月，皇太极从朝鲜退兵后，率兵直抵锦州，将其包抄。赵率教与纪用一方面闭城死守，一方面调派使者媾和，想以此迟延时候等候救兵，使者跑了三个来回仍旧没有决定，而后金军的守势越来越猛。袁崇焕以宁远的兵力不能等闲变更，因而让尤世禄、祖大寿带领精锐马队四千绕到雄师前面决斗，另调派水军从东面停止管束，并要求蓟镇等地出兵东护关门。明廷命山海关的满桂移驻前屯，三屯孙祖寿移往山海关，宣府黑云龙移往一片石，蓟辽总督阎鸣泰移到关城，又变更昌平、天津、保定的军队奔赴上关；传檄山西、河南、山东等地的守将整备好兵马听候调遣。[22]