袁崇焕杀了毛文龙以后，惊骇他的部下叛变，因而增加他们的饷银，但是岛上的人没有主帅，民气背叛，难以利用，而后会导致叛离。袁崇焕上书给明廷：“东江镇是管束仇敌所必须依托的。现肯定两协的体例，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万，米十三万六千。”天子朱由检对兵员减少军饷却增加的事感情应疑虑，但是一看是袁崇焕奏请的，也就承诺了他。[33]
而后袁崇焕聘请毛文龙旁观将士射箭，预先在山上设置好帐篷，令参将谢尚政等率兵埋伏在帐外。毛文龙到了以后，他的部下没能入内。袁崇焕说：“我凌晨就走，你担负外洋的重托，请受我一拜。”毛文龙回拜以后俩人开端登山。路上袁崇焕问侍从官员的姓名，大多都是姓毛的。毛文龙说：“这些都是我的孙子。”袁崇焕笑着说：“你们在外洋悠长劳累，每月禄米只要一斛，说来痛心，也受我一拜，请为国度极力。”世人都叩首伸谢。[31]
袁崇焕接着说几件毛文龙违法做的事，毛文龙与其辩论，袁崇焕厉声斥责毛文龙，命令将毛文龙的冠服去除并捆绑起来，毛文龙表示不平，袁崇焕因而列数毛文龙的十二条罪行，拿出尚方宝剑，将毛文龙斩杀。[32]
后金军从宁远撤退后增加锦州的守势，但仍旧没法霸占，并且伤亡惨痛，六月，后金军撤兵，史称“宁锦大捷”。而后金军撤兵时顺道破坏大小凌河二城。[24]
但不久以后，遵化、三屯营都被后金军攻破，赵率教也在遵化战役中中流矢阵亡，[35]巡抚王元雅、总兵朱国彦他杀而死。后金军超出蓟州往西，直逼都城，袁崇焕忙率兵保护京师。朱由检召见袁崇焕，犒赏御用酒菜及貂裘慰劳袁崇焕，袁崇焕以兵马长途驰驱，怠倦不已，要求入城休整，但遭到回绝。因而袁崇焕驻军城外，与后金军鏖战，互有胜负。[36]袁崇焕令戴承恩在广渠门布阵，祖大寿于南面布阵，王承胤在西北布阵，袁崇焕在西面布阵以备战，中午时候，清马队从东南面打击，祖大寿率兵奋力接战，而王承胤却拔阵向南避战。后金兵力战祖大寿不下，因而撤退，明将刘应国、罗景荣等人率兵停止追击，杀伤后金军千余人，而明军死伤也很多。出兵后，朱由检用酒食犒赏军队。[37]袁崇焕有调派任守忠带领五百人用火炮轰打金营，后金军撤退，京都之威遂解。[38]
但后金军退兵后，袁崇焕却被定罪。当初后金军进入的关隘是属于蓟辽总理刘策所统领，而袁崇焕得知后金军入关，直逼都城，因而千里迢迢赶来救济，自以为有功无罪，但是朝中大臣却有很多人以为是袁崇焕放清兵入关，因而纷繁诽谤袁崇焕与后金军有勾搭，朱由检对此也很思疑。此时后金军也设想诽谤，说袁崇焕与后金军有奥妙商定。十仲春，朱由检将袁崇焕下狱。[39]
重新见用
天启七年（1627年），明熹宗驾崩，明思宗朱由检即位，设想将魏忠贤撤除，并把之前冒领军功的人削职。在朝中大臣的建议下，袁崇焕得以重新被启用，被任命为兵部尚书兼任右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务。同年七月，袁崇焕返回都城，上疏陈述兵事，朱由检于平台召见袁崇焕，袁崇焕宣称本身能够五年复辽，朱由检对此大加赞美。给事中许誉卿问袁崇焕复辽的战略，袁崇焕却说是用这类话安抚皇上。许誉卿说：“皇上贤明，怎麽能够随便应对。他日遵循刻日寻求效果，你该怎麽办？”袁崇焕也感觉本身讲错了，因而上奏说：“五年复辽的打算不轻易完成，陛下既然拜托给臣，臣怎麽敢推让这艰巨的任务。但是五年内，户部转运军饷，工部供应东西，吏部用人，兵部调兵选将，必须朝廷表里事事共同，才气有所胜利。”朱由检因而让四部的臣遵循袁崇焕的话办。[26]