八月初四，停止扯力克互市及对其的犒赏。
三月初三，礼部尚书马自强兼任文渊阁大学士，吏部侍郎申时行兼任东阁大学士，参与秘密事件。十三日，张居正因安葬父亲而回籍。
秋七月十六日，免除陕西拖欠赋税。十七日，副总兵祖成训率兵援救朝鲜，在平壤与倭寇交兵，败北。二十七日，夺职三边总督魏学曾，以叶兰梦取而代之，不久拘系魏学曾，打进监狱。
万历二十一年(1593)春正月十九日，李如松将平壤倭寇击败。十六日，王锡爵还朝。二十六日，朱翊钧下诏封三个皇子为王，朝廷大臣据理力图，不久作罢。二十七日，李如松打击王京，在碧蹄馆与倭寇相遇，败北。
夏四月月朔，日蚀，为日全食。初四，翊钧誊写谨天戒、任贤达、亲贤臣、远嬖佞、明奖惩、谨出入、慎起居、节饮食、收放心、存畏敬、纳忠告、节财用十二事置于座右边，以期自警。
■万历十七年(1589)春正月月朔，有日蚀。初九，太湖、宿、松一带有刘汝国等贼寇反叛，安庆批示陈越率兵讨伐，战死。
三月二十六日，乞庆哈之子扯力克世袭顺义王之封号。
秋八月十六日，扬州大水。
当年，又免除京畿内、山西受灾害之地的税粮。哈密、乌斯藏曾来京朝贡。
■万历二十四年(1596)春仲春十一日，麻贵将河套部击败。
秋七月，江北生蝗灾，江南生水患，山西、陕西、河南、山东又生水灾，黄河也在开封决口，朝廷别离赐与减免赋税和施助。
玄月初二，杨方亨达到日本，平秀吉拒受封号，再次侵犯朝鲜。二十二日，安葬孝安庄皇后。此月，河套部又侵犯宁夏。总兵官李如柏将其击败。当年春季，黄河在黄土固口决堤。
冬十仲春月朔，淘汰惜薪司内官冗员。当月，顺义王乞庆哈死去。
三月初三，昌大检阅军队。当月，土蛮进犯辽阳，副总兵曹..领兵抵当，败北。
十仲春初九，施助榆林、延绥饥荒。二十二日，以穆宗驾崩不久为由，下诏免设元夕灯火及宫中宴席。
秋八月十一日，礼部侍郎张四维被升为礼部尚书兼任东阁大学士，参与秘密事件。十二日，黄河在高邮、砀山决口。二十三日，朝廷免除淮、扬、凤、徐等生水患之地的田租。
夏蒲月十九日，祭奠地于北郊。
十仲春八日，寺人冯保被贬为奉御，百口削去官籍。十八日，规复建言诸臣职务。
秋八月十三日，将张居正之罪张榜公布于天下，并将其家眷戍边。
夏四月初九，查抄张居正家。十一日，游击将军刘纟廷讨伐安定陇川贼寇。
夏闰四月二十二日，官军安定广西八寨贼寇。
冬十一月初三，湖广罹难，别离予以减免赋税和施助。
六月初九，免京畿受灾地区的夏粮赋税。十四日，青海部长火落赤进犯洮州，副总兵李联芳败北死去。十五日，变动宗藩先例，对无册封者听其自便。
玄月月朔，王家屏因父丧离职。二十四日，中断行刑。二十八日，朝廷下帑并派官吏施助河南、山东、直隶、陕西、辽东、淮、凤灾害。
■万历二十年(1592)春正月二十六日，给事中孟养浩建议立太子，被施杖刑于阙下，并被削除官籍。
秋七月月朔，诏谕救济朝鲜的各边镇军队返回。初三，呈现彗星，命群臣修身检验。