朱子学最后是被禅宗和尚当作自我修为的学问传入日本的。朱子学的实际侧重于伦理品德的“大义名分”，即人各有尊卑等序，人间统统以此为运转根本，不成更窜改动。君臣父子大家都要遵守这一原则。
林罗山没有孤负师父的厚望，他广招门徒，鼓吹朱子学说。与此同时，他还主动参与幕府的政治活动，制定法律，用其学说帮忙幕府建立起本身的认识形状体系，从而遭到幕府的高度信赖。在林罗山的尽力下，第三代幕府将军德川家光统治期间，幕府将朱子学定为官学，并将其推行到官方，帮助林罗山在各地开设专门讲授朱子学的书院。
俗话说，宁肯给聪明人提鞋，也不与笨拙者交友。对于这句话，日本可谓了解深切，不管是千百年来对中国优良文明的汲取，还是明治维新今后的统统向西看，都是对这一鄙谚的最好注解。是以，对于当代日本来说，与其看作东洋一枝花，不如将其视作中西文明的最好连络体更加切当。对于这连续络，中国和荷兰的先民看得最为透辟。
但是藤原惺窝的尽力并没有结出丰富的果实，他将统统但愿依托在了本身的对劲弟子，被称为“五大天王”之首的林罗山身上。罗林山1582年出世于京都，本名信胜，号罗山。德川幕府建立后的第三年，藤原惺窝将罗林山保举给德川家康，以23岁的年青少年身份，成为德川幕府的首要政治和思惟参谋。
其学说实在就是对日本当时泾渭清楚的品级轨制的必定，鼓吹统治阶层权力至高无上，百姓要放心于本身所处的职位，不得抵挡，以下犯上。这一思惟非常合适方才建立起统治的德川幕府的政治需求，是以朱子学很快被统治阶层接管并获得正视。
日本阳明学开初的生长因为遭到朱子学的压抑而没能获得很好的生长，中江藤树的弟子熊泽蕃三固然竭尽尽力将阳明学传播到了上层社会，但也没能窜改阳明学被压抑的被动局面。直到德川幕府末期，因为“尊王攘夷”活动的鼓起，阳明学实际务实的精力鼓励了当时的倒幕派，由此，阳明学呈现了答复的态势，垂垂代替朱子学，成为那光阴本的支流思惟。
跟着朱子学在日本获得独尊的职位，各领国的领主也在本身的领地上建立起了传授朱子学的书院，这些书院被称为“藩学”，首要招收领主后代及中高层军人。而一些下级军人，为了增加本身的文明涵养，也自发地投入到朱子学学习的行列当中。在这些军人当中，接踵产生了影响后代的大学问家。
除了在中上层人士中传播外，“兰学”对日本官方的影响也是庞大的。1789年，传授“兰学”的书院“芝兰堂”在江户创建。随后，近似性子的官方私塾在天下各地各处着花。
德川幕府初期，朱子学的代表人物为藤原惺窝与林罗山师徒二人。藤原惺窝原为禅僧，后出家用心研讨朱子学，并以朱子学实际攻讦本身曾经皈依的禅宗，试图为朱子学在日本思惟范畴争得一席之地。其所著的《化名性理》、《四书五经倭训》，是最早用日文撰写的鼓吹朱子学的册本。
在天文和地理学方面，因为“兰学”的影响，日本学者也获得丰富的研讨服从。1774年，长崎的本木良永完成《六合二球用法》一书，详细先容了哥白尼的地动说；1812年，伊能忠敬用测量器费时20年测绘出《大日本本地舆地全图》，其程度与当代相差无几。