在朱子学的影响下，日本的文明艺术和天然科学技术获得了进一步的生长，各种新兴的艺术情势在这一期间大量呈现，最具代表性的就是“浮世绘”。
日本阳明学开初的生长因为遭到朱子学的压抑而没能获得很好的生长，中江藤树的弟子熊泽蕃三固然竭尽尽力将阳明学传播到了上层社会，但也没能窜改阳明学被压抑的被动局面。直到德川幕府末期，因为“尊王攘夷”活动的鼓起，阳明学实际务实的精力鼓励了当时的倒幕派，由此，阳明学呈现了答复的态势，垂垂代替朱子学，成为那光阴本的支流思惟。
1838年，闻名兰学家绪方洪庵在大阪开设传授兰学的书院，名为“适斋”，培养了浩繁的人才，如福泽谕言、桥本佐内、大村益次郎、吉田松阴、高杉晋作、木户孝允、伊藤博文等。这些人才在幕府末期成为倒幕维新的中坚力量，鞭策了日本近代化的过程。
跟着朱子学在日本获得独尊的职位，各领国的领主也在本身的领地上建立起了传授朱子学的书院，这些书院被称为“藩学”，首要招收领主后代及中高层军人。而一些下级军人，为了增加本身的文明涵养，也自发地投入到朱子学学习的行列当中。在这些军人当中，接踵产生了影响后代的大学问家。
其学说实在就是对日本当时泾渭清楚的品级轨制的必定，鼓吹统治阶层权力至高无上，百姓要放心于本身所处的职位，不得抵挡，以下犯上。这一思惟非常合适方才建立起统治的德川幕府的政治需求，是以朱子学很快被统治阶层接管并获得正视。
林罗山没有孤负师父的厚望，他广招门徒，鼓吹朱子学说。与此同时，他还主动参与幕府的政治活动，制定法律，用其学说帮忙幕府建立起本身的认识形状体系，从而遭到幕府的高度信赖。在林罗山的尽力下，第三代幕府将军德川家光统治期间，幕府将朱子学定为官学，并将其推行到官方，帮助林罗山在各地开设专门讲授朱子学的书院。