南北朝玄门构造情势的另一窜改，是祭酒制的式微、道馆的鼓起及道官的设置。刘宋陆修静设立的简寂馆、崇虚馆，是正式见于文献记录的道馆。道馆在北朝称之为道观。隋同一后，亦改南朝道馆名为道观。道观一词，遂为历代相沿。道官的设置，始于梁。梁在中心设大道正，在州郡设小道正，大小道普通常便是道馆馆主。北周有司玄中士、司玄下士，掌道门之职。
<<封神榜>>中阐教十二上仙的大师兄，不属昆仑十二仙，修炼于灵鹫山元觉洞，后投入沙门，成为燃灯古佛。托塔李天王的宝塔恰是燃灯道人所赠，用以管束莲花化身后重生的哪吒。书中说他“神仙班首，佛祖源流”，诗证曰：
三国两晋南北朝三国西晋时，五斗米道生长为天师道。天师道分符水派和金丹派。前者仍采取首过（即自省思过）、符水治病等体例，在官方传播；后者则以金丹经、房中术等手腕为统治者帮闲办事。但上至君主，下至贵族和官僚，信道者甚少，玄门仍未成为统治阶层倡导的宗教。
燃灯佛义曰：锭光。为释迦牟尼佛之前的佛。因其出世时身边统统光亮如灯，故称为燃灯佛。传说释迦牟尼畴昔世曾以五茎莲花扶养燃灯佛，而被预言，将在九十一劫后的贤劫成佛。在佛经中所记录的很多佛、菩萨都曾是他座下的弟子。或称为锭光佛。
上清派和灵宝派都正视对道经的清算和分类。陆修静撰《三洞经籍目次》，为最早的一部《道藏》书目。这一期间，呈现了三洞四辅的道经分类法。三洞即洞真（上清经）、洞玄（灵宝经）、洞神（召劾鬼神之书）；四辅即太玄（洞真）、承平（洞玄）、太清（洞神）、正一（对以上六部的弥补）。三洞四辅，是今后一千年所承用的道经七部分类法，又意味着典范的品级和修行的次第，也具有辨别教派的含义。
西晋灭亡后，战乱频繁，社会动乱不安，人们精力极其苦闷，遂为玄门的生长供应了无益的社会环境。东晋南北朝时，一方面，基层群众信奉玄门者激增，他们常常自称太上老君的化身李弘出世为圣王，构造叛逆。闻名的东晋孙恩、卢循叛逆，就是以五斗米道为构造情势而策动的。另一方面，统治阶层上层亦多有信奉玄门者。如东晋哀帝、简文帝，北魏明元帝、太武帝，高档士族如南边的琅邪王氏、高平郗氏、会稽孔氏、陈郡殷氏，北方的清河崔氏、范阳卢氏、京兆韦氏，都信奉天师道。玄门遂开端由官方宗教向统治阶层宗教转化。但是，天师道存在的教义混乱、修行困难、构造涣散、科律废弛等题目，都难以适应统治阶层的政治要求。因而，东晋中叶至南北朝初年，呈现了玄门鼎新。鼎新的内容，大抵上是南边重经法义理，制作教义，北方则讲究礼拜功德、清理道规。
称呼：燃灯
隋隋文帝杨坚建立隋朝，羽士焦子顺、张宾虽曾预言他当为天子，但杨坚幼年曾受尼智仙扶养，以为释氏的功绩更大，以是隋初佛教的职位又高于玄门。隋炀帝杨广即位后，佛教和玄门并重。很多羽士得以方术进用。嵩山羽士潘诞为炀帝合炼金丹，所费巨万，六年不成。杨广为晋王镇守扬州时，曾邀茅山羽士王远知相见。今后炀帝至涿郡（今北京），又召见王远知于临朔宫，亲执弟子礼。炀帝南巡扬州，王远知进谏不宜阔别京都，炀帝不听。隋末农夫叛逆兵中的一支曾操纵玄门“李弘为天子”的预言，停止反隋斗争。