林丹汗西迁后，调集昆噶敖德斯尔、班第达顾实、阿南达顾实为首的33名学者，在1628—1629年间翻译了108卷《甘珠尔》（前人已翻译过此中一部分），并用金字誊写在蓝纸上。林丹汗构造翻译《甘珠尔》是对蒙古文明的一大首要进献。林丹汗把传国玉玺和玛哈噶喇金佛、金《甘珠尔》视为三*宝。
1617年，西藏萨迦派僧侣沙尔呼图克图达到蒙古地区，寻觅本身的支撑者，林丹汗为沙尔呼图克图的神通所佩服，并封他为国师，并接管通俗密乘之灌顶，因而林丹汗由黄教改信红教（狭义上的红教仅指宁玛派，广义上包含了萨迦派和噶举派）。沙尔呼图克图为了获得林丹汗的信赖，从五台山取来元世祖时萨迦派八思巴喇嘛用令媛所铸的玛哈噶喇金佛（又称大黑天，为蒙元的护国神）。林丹汗在察汉浩特修建金顶白庙，将金佛供于此中。林丹汗试图效仿忽必烈与八思巴故事，操纵他与沙尔呼图克图之间的干系来建立本身的权威。但是适得其反，这减轻了信奉黄教的蒙古诸部的离心，减弱了林丹汗的号令力。
除此以外，林丹汗还操纵“图们*”束缚诸部（即《图们汗法典》）。任命永谢布部的却热斯塔布囊为大汗的代表，办理右翼三万户蒙古诸部，任命内喀尔喀炒花（乌济叶特）部的锡尔呼纳克洪台吉帮助大汗办理右翼蒙古诸部，1617年在巴林境内的阿巴嘎哈喇山建察汉浩特（今内蒙古赤峰市阿鲁科尔沁旗）作为政治中间，令诸部首级到此朝觐、进贡与议事。
林丹汗病故后，林丹汗的遗孀们及他的儿子额哲带领余部自青海大草滩返回河套地区，漠北外喀尔喀的车臣汗硕垒致函额哲，但愿他移帐漠北。[29]这时，皇太极于1635年仲春命多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵1万，第三次远征察哈尔。三月，多尔衮在西喇珠尔格处所碰到林丹汗的大福晋囊囊（娜木钟），得知额哲地点地。四月二旬日，后金兵度过黄河，四月二十八日，后金兵趁着大雾包抄了额哲营帐，并派苏泰之弟南楚劝降。因而苏泰、额哲母子奉传国玉玺出降，蒙古帝国正式宣布灭亡，漠南蒙古也全数收归后金版图。皇太极得此传国玺，又被以额哲为首的漠南蒙古四十九个封建主尊奉为“博格达彻辰汗”，乃于翌年景立大清帝国。
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